Theo đó, Nghị định số 82/2023/NĐ-CP sửa đổi, bổ sung tên Điều và các khoản 1, khoản 2 và khoản 3 Điều 3 của Nghị định số 120/2016/NĐ-CP ngày 23/8/2016 như sau:

Điều 3. Kê khai, thu, nộp phí, lệ phí và quyết toán phí

Người nộp phí, lệ phí thực hiện kê khai, nộp phí, lệ phí theo tháng, quý, năm hoặc theo từng lần phát sinh; nộp phí, lệ phí cho tổ chức thu hoặc Kho bạc Nhà nước bằng các hình thức: Nộp trực tiếp bằng tiền mặt hoặc thông qua tổ chức tín dụng, tổ chức dịch vụ và hình thức khác theo quy định của pháp luật. Căn cứ tính chất, đặc điểm của từng khoản phí, lệ phí, cơ quan nhà nước có thẩm quyền quy định cụ thể hình thức nộp, kỳ kê khai, nộp phí, lệ phí cho phù hợp.

Tổ chức thu phí, lệ phí thực hiện kê khai, nộp phí, lệ phí thu được như sau:

- Định kỳ hằng ngày; tuần hoặc tháng, tổ chức thu phí phải gửi số tiền phí đã thu được vào tài khoản phí chờ nộp ngân sách tại Kho bạc Nhà nước; tổ chức thu lệ phí phải gửi số tiền lệ phí thu được vào tài khoản lệ phí chờ nộp ngân sách hoặc nộp lệ phí vào tài khoản thu ngân sách nhà nước tại Kho bạc Nhà nước. Căn cứ số tiền phí, lệ phí thu được nhiều hay ít, nơi thu phí, lệ phí xa hay gần Kho bạc Nhà nước, cơ quan nhà nước có thẩm quyền quy định định kỳ ngày; tuần hoặc tháng, tổ chức thu phí phải gửi số tiền phí đã thu được trong kỳ vào tài khoản phí chờ nộp ngân sách, tổ chức thu lệ phí phải gửi số tiền lệ phí đã thu được trong kỳ vào tài khoản lệ phí chờ nộp ngân sách hoặc tài khoản thu ngân sách nhà nước.

- Tổ chức thu phí kê khai, nộp tiền phí thu được vào ngân sách nhà nước theo tháng, quyết toán năm và tổ chức thu lệ phí kê khai, nộp lệ phí thu được vào ngân sách nhà nước theo tháng theo quy định của Luật Quản lý thuế, Nghị định số 126/2020/NĐ-CP ngày 19/10/2020 của Chính phủ quy định chi tiết một số điều của Luật Quản lý thuế, Nghị định số 91/2022/NĐ-CP ngày 30/10/2022 của Chính phủ sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 126/2020/NĐ-CP ngày 19/10/2020 của Chính phủ quy định chi tiết một số điều của Luật Quản lý thuế.

- Tổ chức thu phí hải quan, lệ phí hàng hóa, hành lý, phương tiện vận tải quá cảnh, Cơ quan đại diện Việt Nam ở nước ngoài thu phí, lệ phí thực hiện kê khai, thu, nộp phí, lệ phí theo quy định tại Nghị định số 126/2020/NĐ-CP.

Tổ chức thu phí, lệ phí thực hiện lập và cấp chứng từ thu phí, lệ phí theo quy định tại Nghị định số 123/2020/NĐ-CP ngày 19/10/2020 của Chính phủ quy định về hóa đơn, chứng từ, Nghị định số 11/2020/NĐ-CP ngày 20/01/2020 của Chính phủ quy định về thủ tục hành chính thuộc lĩnh vực Kho bạc Nhà nước.

Sửa đổi, bổ sung khoản 1 và khoản 3 Điều 4 của Nghị định số 120/2016/NĐ-CP ngày 23/8/2016 như sau:

Phí thu từ các hoạt động dịch vụ do cơ quan nhà nước thực hiện phải nộp vào ngân sách nhà nước, trường hợp cơ quan nhà nước được khoán chi phí hoạt động từ nguồn thu phí thì được khấu trừ theo tỷ lệ xác định; phần còn lại (nếu có) nộp ngân sách nhà nước.

Cơ quan nhà nước được khoán chi phí hoạt động từ nguồn thu phí bao gồm:

- Cơ quan nhà nước thực hiện cơ chế tài chính theo quy định tại Nghị định số 130/2005/NĐ-CP ngày 17/10/2005 của Chính phủ quy định chế độ tự chủ, tự chịu trách nhiệm về sử dụng biên chế và kinh phí quản lý hành chính đối với các cơ quan nhà nước, Nghị định số 117/2013/NĐ-CP ngày 07/10/2013 của Chính phủ sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 130/2005/NĐ-CP ngày 17/10/2005 của Chính phủ quy định chế độ tự chủ, tự chịu trách nhiệm về sử dụng biên chế và kinh phí quản lý hành chính đối với các cơ quan nhà nước và cơ quan nhà nước thực hiện cơ chế tài chính, thu nhập đặc thù theo quy định của Chính phủ hoặc Thủ tướng Chính phủ.

- Cơ quan đại diện Việt Nam ở nước ngoài.

- Cơ quan công an, quốc phòng được giao cung cấp dịch vụ, phục vụ công việc quản lý nhà nước được thu phí theo quy định của Luật Phí và lệ phí.

Phí thu từ các hoạt động dịch vụ do tổ chức được cơ quan nhà nước có thẩm quyền giao thực hiện được để lại một phần hoặc toàn bộ số tiền phí thu được để trang trải chi phí hoạt động cung cấp dịch vụ, thu phí được xác định theo quy định; phần còn lại (nếu có) nộp ngân sách nhà nước, số tiền phí được để lại là doanh thu của tổ chức thu phí.

Nghị định số 82/2023/NĐ-CP cũng sửa đổi, bổ sung khoản 3 Điều 6 của Nghị định số 120/2016/NĐ-CP ngày 23/8/2016 như sau:

Các bộ, cơ quan ngang bộ, cơ quan thuộc Chính phủ, Tòa án nhân dân tối cao, Viện kiểm sát nhân dân tối cao có trách nhiệm:

- Tiếp nhận đề nghị của tổ chức thu phí, lệ phí thuộc quản lý ngành, lĩnh vực quản lý, thẩm định và trình Chính phủ (đối với khoản phí, lệ phí thuộc thẩm quyền quyết định của Chính phủ hoặc Ủy ban Thường vụ Quốc hội) hoặc có văn bản gửi Bộ Tài chính, để Bộ Tài chính xây dựng trình cấp có thẩm quyền ban hành (hoặc ban hành theo thẩm quyền) văn bản quy định mức thu, nộp, miễn, giảm, quản lý và sử dụng các khoản phí, lệ phí trong Danh mục phí, lệ phí ban hành kèm theo Luật Phí và lệ phí.

- Trường hợp khoản phí, lệ phí do nhiều tổ chức cùng thực hiện thu hoặc các cơ quan địa phương thực hiện thu (không ban hành văn bản riêng cho từng tổ chức thu phí, lệ phí): Giao đơn vị chức năng xây dựng đề án, thẩm định và trình Chính phủ (đối với khoản phí, lệ phí thuộc thẩm quyền quyết định của Chính phủ hoặc Ủy ban Thường vụ Quốc hội) hoặc có văn bản gửi Bộ Tài chính, để Bộ Tài chính xây dựng trình cấp có thẩm quyền ban hành (hoặc ban hành theo thẩm quyền) văn bản quy định mức thu, nộp, miễn, giảm, quản lý và sử dụng các khoản phí, lệ phí trong Danh mục phí, lệ phí ban hành kèm theo Luật Phí và lệ phí.

- Trường hợp cần sửa đổi, bổ sung, bãi bỏ các khoản phí, lệ phí trong Danh mục phí, lệ phí ban hành kèm theo Luật Phí và lệ phí: Chủ trì, phối hợp với Bộ, Ngành liên quan xây dựng đề án, gửi Bộ Tài chính, để Bộ Tài chính báo cáo Chính phủ trình Ủy ban Thường vụ Quốc hội xem xét, quyết định.

Đồng thời, Nghị định số 82/2023/NĐ-CP bãi bỏ Điều 7 của Nghị định số 120/2016/NĐ-CP ngày 23/8/2016 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Phí và lệ phí.