Theo đó, Quỹ sẽ có trách nhiệm tiếp nhận các khoản tài trợ, hỗ trợ, đóng góp tự nguyện của các tổ chức, cá nhân trong và ngoài nước bằng tiền được chuyển vào tài khoản của Quỹ tại Sở Giao dịch Kho bạc Nhà nước và ngân hàng thương mại; các khoản tài trợ, hỗ trợ bằng vắc-xin, Bộ Y tế thực hiện tiếp nhận để quản lý, phân phối và sử dụng theo quy định.Ngoài ra, Quỹ cũng tiếp nhận các khoản tài trợ, hỗ trợ bằng các loại hình vật chất khác (không bao gồm vật tư, sinh phẩm, trang thiết bị y tế hỗ trợ cho phòng chống dịch), Quỹ thực hiện tiếp nhận để quản lý, theo dõi và hạch toán phản ánh vào thu của Quỹ khi xuất bán theo quy định.

Quỹ phải mở sổ để ghi chép, hệ thống và lưu trữ toàn bộ các nghiệp vụ thu, chi của Quỹ.Trường hợp Quỹ tiếp nhận tài trợ bằng các loại hình vật chất khác, phải mở sổ để theo dõi chi tiết cho đến khi xuất bán, nộp tiền vào thu của Quỹ. 

Việc mở sổ kế toán, lập, sửa chữa, lưu trữ và bảo quản sổ kế toán thực hiện theo quy định của Luật Kế toán và các văn bản có liên quan.

Bộ Y tế chịu trách nhiệm toàn diện trước pháp luật về việc quản lý, sử dụng số tiền được cấp từ Quỹ để mua, nhập khẩu vắc-xin

Thông tư cũng quy định rõ trách nhiệm của Bộ Y tế và Bộ Tài chính trong việc vận hành và quản lý Quỹ vắc-xin phòng Covid-19 Việt Nam. Theo đó, Bộ Y tế chủ trì, phối hợp với Bộ Tài chính tổng hợp nhu cầu kinh phí để mua, nhập khẩu vắc-xin, nghiên cứu, sản xuất vắc-xin trong nước và sử dụng vắc-xin phòng Covid-19, trình Thủ tướng Chính phủ quyết định chi từ Quỹ để tài trợ, hỗ trợ cho hoạt động mua, nhập khẩu vắc-xin, nghiên cứu, sản xuất vắc-xin trong nước và sử dụng vắc-xin phòng Covid-19 theo quy định.

Căn cứ các nội dung chi được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt, Bộ Y tế lập hồ sơ đề nghị xuất Quỹ để chi theo quy định.

Bộ Y tế chịu trách nhiệm toàn diện trước pháp luật, trước Thủ tướng Chính phủ về việc quản lý, sử dụng số tiền được cấp từ Quỹ để mua, nhập khẩu vắc-xin, tài trợ, hỗ trợ cho hoạt động nghiên cứu, sản xuất vắc-xin trong nước; quản lý, sử dụng vắc-xin đã mua, nhập khẩu và vắc-xin đã tiếp nhận từ các nhà tài trợ theo đúng quy định.

 Bộ Tài chính có trách nhiệm định kỳ 6 tháng tổng hợp báo Thủ tướng Chính phủ về tình hình thu, chi tài chính Quỹ; căn cứ báo cáo quyết toán của Quỹ, tổng hợp, báo cáo Thủ tướng Chính phủ, Chính phủ để tổng hợp chung nguồn lực báo cáo Quốc hội trong các báo cáo về kinh tế - xã hội và ngân sách nhà nước.

Công khai báo cáo tài chính Quỹ

Quỹ có trách nhiệm công khai báo cáo tài chính quỹ hàng tháng, 6 tháng, năm và báo cáo quyết toán Quỹ, nội dung công khai bao gồm: Số tiền huy động, danh sách các tổ chức, cá nhân tài trợ, đóng góp, nội dung và số tiền đã chi, số dư quỹ còn lại.

Việc công khai của Quỹ được thực hiện qua Cổng thông tin điện tử của Bộ Tài chính và một hoặc một số hình thức: Công bố tại các cuộc họp, niêm yết tại trụ sở của Quỹ, phát hành ấn phẩm, thông báo bằng văn bản đến các cơ quan, tổ chức, đơn vị có liên quan, thông báo trên các phương tiện thông tin đại chúng.

Nguyên tắc quản lý tài chính Quỹ

Quỹ chịu sự kiểm tra, thanh tra, kiểm toán về các hoạt động tài chính của Quỹ của các cơ quan quản lý nhà nước về tài chính và Kiểm toán nhà nước theo quy định của pháp luật; giám sát của Mặt trận Tổ quốc Việt Nam và cộng đồng.

Quỹ được sử dụng vốn nhàn rỗi của Quỹ để gửi tại các ngân hàng thương mại nhằm mục đích bảo toàn và phát triển vốn cho Quỹ, nhưng phải đảm bảo an toàn. Sau khi Quỹ chấm dứt hoạt động và giải thể, số dư của Quỹ (nếu có) được nộp toàn bộ vào ngân sách trung ương để bổ sung nguồn lực mua vắc-xin cho Chương trình tiêm chủng mở rộng của Nhà nước.